外显子测序

一、背景概述

肿瘤（Tumor）是机体在各种致癌因素作用下，局部组织的某一个细胞在基因水平上失去对其生长的正常调控，导致其克隆性异常增生而形成的病变。学术界一般将肿瘤分为良性和恶性两大类。基于人类全外显子组测序，通过对多个同类癌症、亚型一致的患者成对取样， 

进行肿瘤组织与癌旁样本的基因型比较，进而找到高频突变位点，挖掘肿瘤易感基因，为肿瘤研究提供了一条高效且快捷的研究途径。 

二、建库流程

从 DNA 样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺唯赞对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。实验建库测序流程如图所示。 

通过 Illumina 平台测序获得原始数据，首先对原始数据中含接头、低质量以及含 N 碱基的 reads 进行过滤，获得高质量的数据；然后，使用 Burrows-WheelerAligner（BWA）软件将高质量的数据与参考序列进行比对，比对信息以 bam文件的格式进行保存，并用于后续信息分析过程；根据比对结果，对目标区域进行深度以及覆盖度统计；比对完成后，使用软件 GATK 进行变异检测，并使用ANNOVAR 软件对检测到的变异进行注释以及变异统计，便于更进一步的信息挖掘。对于癌症成对样本（Tumor/Normal）检测 Somatic mutation，并对检出的变异进行分析解读。

信息分析流程如图所示：

分析结果展示：

1.测序数据说明

2.原始数据过滤

3.比对结果质量评估

3.1 比对结果统计

3.2 测序数据比对分布

4.体细胞变异检测

4.1 Somatic SNV 检测结果 

4.2 Somatic InDel 检测结果 

4.3 Somatic CNV 检测结果

4.4 Somatic mutation 结果注释 

5.易感基因筛查

6. NMF 突变频谱和突变特征分析

6.1 突变频谱分析

6.2 NMF 突变特征分析

7.高频突变基因统计及通路富集分析

7.1 高频突变基因统计

7.2 高频突变基因通路富集分析

8.Driver 已知驱动基因筛选

9.基因组变异 Circos 图展示