1. 项目概述 Summary
首先,使用等量合并后的样品作为 pool 样本进行 HPRP分级,并进行LC-MS/MS(QE-HFX_DDA 模式)分析得到DDA library 数据库。然后对各样本分别进行LC-MS/MS(DIA 模式)分析,并采用上述DDA数据库进行定性定量分析。
2. 分析流程
项目分析流程主要包括 DDA 建库与 DIA 分析两个阶段。 质谱实验分析流程主要包括蛋白质提取、肽段酶解、色谱分级、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)DDA 数据采集、数据库检索等步骤;正式实验阶段主要包括 DIA 分析,质控分析,定性定量结果分析及生物信息学分析。见下图。
DIA 定量蛋白质组学实验流程图
3、分析内容
实验下机数据搜库后进行生物信息学分析,分析内容主要包括鉴定分析、表达差异分析、功能分析等, 见下图。
生物信息学分析内容
样本要求
样品类型:
细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:
①体液 全血、血清、血浆 :2mL
②脑脊液:6mL
③尿液:30mL
④细胞:10*7
⑤组织:100mg
⑥蛋白提取物:100ug
保存和运输条件:
负八十长期保存,干冰运输。提取的外泌体在短时间(一周之内)使用,可以放在4度保存,如果长时间保存可以放在-80度保存。