ChIPseq

1 工作流程

染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种用于研究蛋白质与 DNA 的体内相互作用 

的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋 

白所结合的基因组DNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对ChIP 

后的 DNA 产物进行测序分析，从全基因组范围内寻找目的蛋白的 DNA 结合位 

点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。 

1.1 ChIP 免疫沉淀实验流程 

目前主要有两种不同的 ChIP 实验方法，大致流程如下（均以细胞样品的处 

理过程为例）： 

Cross-liking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP) 

1. 甲醛处理细胞，使 DNA-protein 的相互结合作用被交联固定。 

2. 裂解细胞，得到全细胞裂解液。 

3. 超声处理，将基因组 DNA 打断至 100-500bp。 

4. 抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中加入一抗和 beads，并进行孵育。 

5. 采用合适的实验条件进行洗脱，并解交联。 

6. 通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。 

7. 准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。 

Native Chromatin Immunoprecipitation (N-ChIP)

1. 通过非变性的方式得到核裂解液。 

2. 微球菌核酸酶（Micrococcal nuclease）消化染色质，得到单核小体或核小体 

寡聚体。 

3. 抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中前后加入一抗和 beads，并进行孵育。 

4. DNA 分离。 

5. 通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。 

6. 准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。

1.2 ChIP Sequencing文库构建流程 

1. DNA 片段末端修复、3’端加 A 碱基，连接测序接头。 

2. PCR 扩增及 DNA 产物的片段大小选择（一般为 100-300bp，包括接头序列 

在内） 

3.合格的文库用于上机测序

1.3 生物信息分析流程

将测序结果与参考基因组比对，比对上唯一位置的序列用于后续标准信息分 

析及个性化分析。信息分析内容如下：

1.3.1数据产出统计，对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染 

1.3.2 ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对 

1.3.3.ChIP 测序 Reads 在全基因组分布图 

1.3.4.转录因子 AA 结合 DNA 鉴定 

4.1 Peak 扫描 

4.2 Peak 长度分布统计 

4.3 Peak 在基因功能元件上的分布特征 

1.3.5.Peak 相关基因筛选与 GO 功能聚类分析及 KEGG 生物通路富集分析 

5.1 Peak 相关基因 

5.2 Peak 相关基因的 GO 分析 

5.3 Peak 相关基因的 KEGG 生物通路富集分析 

1.3.6.Motif 分析